Proje üç temel amaç üzerine kurulmuştur. 1) Türkiye’ nin mikroorganizma (bakteri, küf ve mantarlar) varlığını moleküler genetik yöntemlerle karakterize etmek ve periyodik olarak güncelleştirilecek olan bir katalogda toplamak. 2) Envantere alınan mikroorganizmaları endüstriyel önemlerine göre sınıflandırmak ve bu önemli özellikleri veren genleri tanımlamak 3) Envantere alınan mikroorganizmaların ekstrakromozomal genetik materyal (bakteriyofaj ve plazmid gibi) içeriklerini araştırarak faj ve plazmid kolleksiyonları hazırlamak. Envantere alınan ve dünyada varlığı henüz keşfedilmemiş mikroorganizma örnekleri, gen klonları ve bunların ürünlerinin ayrı ayrı patentleri alındıktan sonra, elde edilen bütün bulgular kompüterize edilerek sürekli başvurulabilecek bir veri tabanı oluşturulacaktır. Endüstriyel önemli genlerin ürünleri, fonksiyonel ve yapısal olarak karakterize edildikten sonra, rekombinant tekniklerle büyük miktarlarda (mass production) üretilmeleri için uygun yöntemler geliştirilecektir. Bu üretim sürecinin, sanayi destekli projelerle gerçekleştirilmesi hedeflenmektedir. Türkiye’ye ait kapsamlı bir mikroorganizma envanterine hem canlı stok hem de veri tabanı boyutunda sahip olabilmek her şeyden önce stratejik bir hedeftir: Dünyamızın biyolojik zenginliği sınırlıdır. Biyolojik zenginliğin dünya ülkeleri tarafından hızlı paylaşımı yanında iklim değişimleri, erozyon, bitki örtüsünün gittikçe azalması, toprağın ve suların fakirleştirilmesi ve genel anlamda çevre kirliliği gibi değişen doğa koşulları da yeryüzündeki canlı çeşitliliğini (biodiversity) hızla azaltmaktadır. Bu nedenle, bir çok mikroorganizma henüz tanınmadan yok olduğundan, çevresel faktörler ikinci bir kompetitör olarak karşımıza çıkmaktadır. Ayrıca, kapsamlı bir envanterin sunacağı örnek zenginliği ve bilgi birikimi baz alınarak ülke genelinde sonradan ortaya çıkabilecek mikrobiyal değişiklikler çok daha kolay ve daha bilimsel olarak monitör edilebilecektir. Böylesine uzun erimli, kesintisiz ve kapsamlı bir çalışmanın, ileride, bu projeyi misyon edinmiş bir merkez laboratuar yardımıyla daha rahat yürütülebileceği mantıklı görünmektedir. Tüm bu nedenler ışığında bakıldığında proje kapsamında yapılacak çalışmalar başlangıçtan itibaren, sonuçta böyle bir merkezi, örneğin Turkey’s Culture Collection of Microorganisms (TCCM), İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü bünyesinde kurmaya doğru yönlendirilebilir.